根据你的需求，重组系统笔记的软件推荐及使用方法如下：

一、推荐软件：Obsidian

Obsidian 是一款功能强大的笔记软件，支持多平台使用，适合个人知识库和项目管理。其核心优势包括：

双向链接与标签系统 ：通过双向链接和标签轻松关联不同知识点，形成知识体系；

完全免费且开源：

本地存储数据，支持离线访问和云同步，迁移成本低；

插件生态丰富：

拥有2130个插件，涵盖白板、笔记重组、可视化关系等实用功能。

核心插件推荐

白板：提供无限画布组织笔记，适合思维导图和复杂内容整理；

笔记重组：支持合并笔记或移动内容，提升编辑效率。

二、手动重组笔记的方法

若偏好轻量级方案，可手动整理：

文件夹结构规划：

按主题或类别创建子文件夹，例如“项目文档”“生活随笔”等；

命名规范：

使用日期或关键词命名文件（如`202504笔记.md`），便于检索；

定期归档：

每月或每季度将旧笔记转移到新文件夹，保持主目录简洁。

三、注意事项

数据安全：建议同时备份本地和云端数据，防止意外丢失；

格式统一：采用Markdown等通用格式，便于跨平台兼容和后续处理。

若需更高级的文献管理功能，可结合福昕阅读器的批注工具。