根据搜索结果，以下是海洋保护建模中常用的软件工具，按功能和应用领域分类整理：

一、虚拟现实与三维建模

VegaPrime

- 支持多源数据集成、三维可视化和场景交互，适用于海洋环境建模和资源勘探，用户超百万。

Ocean5D

- 基于OpenGL和OSG引擎，支持NetCDF格式数据加载，用于大规模海洋环境数据的可视化渲染。

二、水文与数据分析

MATLAB

- 提供数值计算、数据分析和绘图功能，广泛用于海洋水文模拟、气候变化研究及风险评估。

CESM

- 地球系统耦合模型，用于气候模拟和海洋环境预测。

三、工程与作业模拟

Sesam Marine

- 专业海洋作业模拟软件，支持风险评估、设备安装模拟及离岸决策优化，适用于海洋工程安全分析。

Delft3D

- 综合水动力模型，涵盖波浪、海流、泥沙输运等，用于沿海区域模拟。

四、其他工具

Python：

结合NumPy、SciPy等库，支持自定义海工建模脚本，适用于数据处理与分析。

ABaqus/ANSYS：有限元分析软件，用于结构强度、流体动力学等复杂模拟。

以上工具可根据具体需求（如建模精度、数据处理能力、行业应用场景）选择搭配使用。