根据搜索结果，以下是标记论文的常用软件分类及推荐，主要分为查重检测、写作辅助和格式排版三类：

一、查重检测软件

Gocheck

- 采用“指纹比对+VSM+”算法，支持多维度检测，可标红重复段落并生成引用率、复写率等指标，适合学术论文自查。

中国知网论文检测系统

- 官方权威平台，覆盖十多种文献类型，提供红色标注重复内容及修改建议，适用于各类学术论文。

迅捷论文查重

- 支持万方、维普、知网等十多种查重引擎，快速生成报告并标注重复部分，适合论文初稿检测。

二、写作辅助软件

文佳 AI

- 提供免费大纲生成、无限次改稿、多语言支持及查重服务，适合全流程学术写作。

雷小兔AI

- 一键自动排版、智能编辑（图/表/代码/公式）、学术写作训练，适合新手快速完成论文。

三、格式排版工具

Adobe Reader

- 支持标注和阅读PDF文档，适合论文排版和审阅。

总结：

根据需求选择工具，查重推荐Gocheck或知网系统，写作辅助可选文佳AI或雷小兔AI，排版则可用Adobe Reader。