一、质谱数据分析软件

沃特世质谱（Waters Corporation）

- Progenesis QI：

用于气相色谱-质谱联用（GC-QMS）数据分析，支持差异分析、定量分析等功能，适用于复杂样品的成分鉴定和结构解析。

- UNIFI：提供多模式数据整合平台，支持质谱、核磁共振（NMR）等数据的联合分析。

安捷伦质谱（Agilent Technologies）

- Mass Profiler Professional （MPP）：

功能强大的质谱数据分析软件，支持多维数据分析和复杂样品处理，适用于药物研发和代谢组学研究。

赛默飞质谱（Thermo Fisher Scientific）

- Orbitrap：

基于四极杆质谱仪的专用软件，提供高分辨率扫描模式和自动化数据处理功能，广泛应用于蛋白质组学和药物分析。

二、分子结构建模与模拟软件

Cerno Biosciense MassWorks

- 支持Agilent OpenLab数据兼容性，具备自动质量校准（AutoCal）、多聚体分析（二聚体至九聚体）等功能，提升质谱数据的准确性和可靠性。

- 提供NMR光谱模拟功能，辅助分子结构预测和反应机制研究。

MestReNova

- 专注核磁共振（NMR）和质谱（MS）数据处理，包含NMR谱模拟模块，帮助用户理解分子结构与光谱关系。

三、其他相关工具

msFineAnalysis iQ：

日本电子科技公司开发，专为气相层析四极杆质谱仪设计，强调差异分析和样品对比功能，适用于水性油墨等特殊样品的分析。

第三方开源包：如用于MPP数据读取的Python包，适用于定制化分析和扩展功能。

四、应用领域补充

药物研发：Progenesis QI、Mass Profiler Professional等支持药物代谢物鉴定和药效成分分析。

环境监测：通过质谱联用技术结合MassWorks校准功能，可检测环境样品中的微量污染物。

以上软件覆盖了从数据采集到深度分析的全流程，可根据具体需求选择组合使用。