BEAST（Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees）是一款用于构建分子系统发育树的软件，基于马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）方法。以下是其核心使用步骤及注意事项：

一、数据准备

选择数据集

需准备包含目标物种DNA序列的NEXUS文件，建议选择多组独立样本以提高分析可靠性。

数据预处理

- 使用BEAUTI工具对NEXUS文件进行参数设置，包括选择Taxon Sets（定义分类单元及子集）、设置替代模型（如Jensen-Shannon、GAMMA等）和分歧时间单位。

- 确保序列格式符合BEAST要求，必要时进行修剪或过滤。

二、模型构建与分析

选择分析模型

- 根据数据特点选择合适的替代模型，如Jensen-Shannon（JS）用于无参数模型，GAMMA模型用于有参数模型。

- 可通过BEAST官网提供的图形界面或命令行运行模型。

运行MCMC分析

- 使用BEAST软件运行MCMC算法，该过程通过采样探索参数空间，最终生成后验分布。

- 分析结果以系统发育树形式呈现，可通过内置的图形工具（如FigTree）进行可视化。

三、结果解读与验证

后验概率与树结构

- 树的拓扑结构与参数的后验概率成正比，分支长度反映分歧时间。

- 可通过FigTree等工具观察树形、节点距离及置信区间。

模型验证

- 使用其他分子钟模型（如分子钟校正）对比分析结果，验证模型适用性。

- 结合生物学知识（如物种地理隔离信息）评估进化假设。

四、注意事项

参数设置：

分类单元的划分需结合生物学意义，避免单源推理错误。

软件版本：建议使用官方最新版本（如Android/iOS移动应用），并定期更新。

结果验证：多模型比较和生物学验证是确保结论可靠性的关键步骤。

通过以上步骤，可系统地构建分子系统发育树，并评估进化关系与时间。