男生说“早点休息吧”可能包含以下几种含义，需结合具体情境判断：

关心与体贴

最常见的原因是关心你的健康，担心熬夜影响身体或第二天的工作学习。这种表达方式较为委婉，体现了他对你的在意。

结束聊天

若对话已持续较长时间，他可能希望你停止聊天以便休息，避免占用他的时间。这种情况下，建议直接回应并结束对话。

其他可能性

- 自身状态：

他可能本身感到疲劳或困倦；

- 转移话题：想结束当前话题转向其他内容；

- 隐含需求：少数情况下可能暗示希望减少互动频率。

建议：

若对方平时也常以类似理由结束聊天，可理解为单纯关心；

若近期关系较为亲密，可试探性询问是否因思念而说；

若需进一步确认，可回应“好的，晚安”并观察对方后续行为。