是的，《最好的我们》中的耿耿和余淮在经历了一系列的分离和重逢后，最终走到了一起。

在电视剧中，耿耿和余淮在高中时期成为同桌，共同度过了许多难忘的时光。然而，由于余淮的母亲患病，他放弃了去外地读大学的机会，也放弃了耿耿，不想连累她。十年后，两人再次相遇，耿耿发现了余淮的难处，并且愿意和他一起面对困难。最终，他们在晚秋高地找到了刻下他们名字的那棵树，并爬上树重新自我介绍，新的故事就这样开始了。

在小说版中，耿耿和余淮的结局也是在十年后两人重逢，并且在一起了。余淮因为家庭变故变得有些自卑，但他最终决定和耿耿一起面对未来。

因此，无论是电视剧还是小说，《最好的我们》的结局都是耿耿和余淮在一起了。