牛根生从蒙牛辞职的主要原因可归纳为以下三点，综合多来源信息分析如下：

一、主动退出的核心原因

战略重心转移

牛根生在2011年首次卸任蒙牛董事长后，便将个人发展重心转向慈善事业。他计划将更多时间用于实现长期投身公益的夙愿，因此以“退休并拟将更多时间投入慈善工作”为由辞去非执行董事职务。

避免内部矛盾激化

有分析认为，牛根生的辞职可能是迫于内部权力斗争的考量。2011年其辞任时，蒙牛管理层已发生变动，新任董事长宁高宁上任后推行激进战略，导致奶源供应紧张等问题，间接引发行业竞争。牛根生选择此时退出，可视为主动规避风险。

二、被动因素与争议点

股权与控制权变动

2016年牛根生曾短暂回归蒙牛，但未获董事会多数支持，最终因战略分歧再次离职。此时其股权已不再具有控制力，辞职更多是形式上的退出。

内部权力博弈

2021年牛根生第三次请辞时，面临新任董事长郑俊怀的强势干预。郑俊怀曾明确表示“并没这样的意思”，但实际操作中阻止了牛根生拿回辞呈，进一步表明公司内部存在权力制衡机制。

三、后续影响与争议

慈善承诺与股权处理

牛根生辞任后，将股权捐赠给老牛基金会，全力投入慈善事业。此举虽缓解了公众对其负面形象的关注，但也引发了对“功高震主”后继无人的讨论。

蒙牛发展延续性

尽管创始人退出，蒙牛在后续仍保持稳定发展，2021年营收超200亿元，显示公司管理层具备独立运营能力。

综上，牛根生的辞职是主动退休与被动退出、个人战略与内部环境共同作用的结果，既包含对个人生涯规划的考量，也反映了企业治理中权力与责任的平衡。