MultiQC 是一个功能强大的开源工具，用于整合多种高通量测序数据分析软件的质控结果。以下是其主要支持的软件类型及部分具体工具的详细说明：
一、支持的分析类型
Pre-alignment（比对前） FastQC（基础质控）
Picard（基础统计）
Alignment（比对后）
HISAT2、Bowtie2、STAR、TopHat2（主流比对工具）
BWA MEM、GATK（其他比对算法）
Post-alignment（比对后修饰）
Cutadapt、Trimmomatic（序列修剪）
BaseRecalibrator、GATK HaplotypeCaller（变异检测）
二、部分核心支持工具
FastQC： 快速检测原始测序数据的质量，生成HTML报告 Trimmomatic
STAR：快速全基因组比对工具
HISAT2：基于哈希图的高效比对算法
GATK：群体遗传学分析工具包
三、扩展支持能力
插件扩展：支持用户自定义插件，可扩展支持的软件范围
结果导出：可导出为PDF或HTML格式，支持交互式查看
四、注意事项
版本兼容性：建议使用最新版本（如1.9），并确保依赖库（如Java）正确安装
系统要求：推荐在Linux或Windows系统上使用Anaconda或Conda环境安装
通过上述功能，MultiQC 能显著简化多组测序数据的质控流程，提升分析效率。
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