一、数据库资源

miRBase

- 提供已发表的miRNA序列数据、注释及预测靶标信息，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一，支持在线关键词或序列搜索。

miRecords

- 动物miRNA靶标数据库，整合实验验证和预测的靶标信息，辅助理解miRNA功能调控网络。

starBase

- 基于CLIP-Seq或HITS-CLIP实验数据，整合多个靶标预测工具的交集，提供高信度miRNA-靶标关联分析。

Tarbase

- 收集实验验证的miRNA靶标数据，侧重于临床样本的关联性研究。

PMRD（植物miRNA数据库）

- 覆盖植物miRNA序列、靶基因、二级结构及表达谱等信息，整合多来源植物miRNA数据。

CoGeMiR

- 专注于玉米等作物的miRNA研究，提供基因组注释和功能分析工具。

MicroRNAdb

- 清华大学维护的植物miRNA数据库，包含序列、功能及表达调控信息。

二、靶标预测工具

DIANA-microT

基于隐马尔可夫模型预测miRNA靶标，支持多物种数据。

MicroInspector

提供miRNA靶标验证功能，整合多个预测算法结果。

miRanda

通过进化生物学方法预测miRNA靶标，适用于功能富集分析。

MirTarget2

支持基因组范围靶标搜索，结合表达数据优化预测结果。

TargetScan/TargertScan

实时数据库查询工具，整合多个预测模块，适合快速筛选靶标。

三、分析平台与工具

R包

regrlm：

用于miRNA与表型关联的回归分析。

limma：差异表达分析工具，常与miRNA数据结合使用。

在线平台

RNA22：提供miRNA表达量预测服务。

RNAhybrid：支持miRNA-靶标结合预测。

四、实验技术相关工具

qPCR试剂盒

Applied Biosystems TaqMan：用于miRNA检测，涵盖从提取到功能验证的全流程。

测序平台

HITS-CLIP：高通量测序技术，用于发现新的miRNA-靶标互作。

以上资源覆盖了miRNA研究的关键环节，从数据查询到功能分析，可根据具体需求选择合适工具。