软件著作权存在以下问题：

著作权法保护范围有限

软件著作权法只保护软件的形式，而不保护软件的内容。这意味着，即使两个软件在功能上相同，但如果它们的代码实现方式不同，则可能不构成侵权。

著作权法只禁止抄袭，而不禁止两份独立创作的作品相似。因此，如果两个软件在功能、界面或结构上相似，但并非完全相同，可能不会被视为侵权。

修改权的限制

著作权法赋予作者修改权，即他人无权对版权作品进行修改。然而，计算机软件需要在使用中不断完善，这必然涉及到一些修改。这种限制可能会在一定程度上阻碍软件的发展和改进。

保护期限问题

软件著作权的保护期限为作者终生及其死亡后50年（个人）或50年（单位）。然而，软件产品更新换代快，寿命短，这一保护期限可能过长，不利于软件产品的优化和更新。

登记和归属问题

在合作开发的软件中，谁进行著作权登记是一个常见问题。可以由全体著作权人协商确定一名著作权人作为代表办理，但协商不一致的情况下，任何著作权人均可申请登记，但需注明其他著作权人。

软件著作权归属问题包括独立开发、合作开发、委托开发、职务开发以及可继承与转让。明确归属对于避免纠纷非常重要。

表达方式的限制

软件著作权保护的范围限于程序及其有关文档的表达形式，而不延及开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等。这意味着，软件的开发思路和方法不受著作权保护。

合理使用问题

为了学习和研究软件内的设计思想和原理，通过安装、显示、传输或者存储软件的方式使用软件，可以不经软件著作权人许可，不向其支付报酬。但应当指明作者的姓名、作品名称，并且不得侵犯著作权人的其他权利。

时间限制

软件著作权的保护期有一定的时间限制。例如，自然人的软件著作权保护期为自然人终生及其死亡后50年，法人或其他组织的软件著作权保护期为软件首次发表之后50年。

合法复制品所有人的限制

软件复制品合法持有人在不经软件著作权人同意的情况下，可以根据使用的需要把该软件装入计算机内，制作备份复制品，进行必要的修改等。

综上所述，软件著作权在保护软件开发者利益的同时，也存在一些限制，这些限制可能会影响软件的使用和发展。因此，在申请软件著作权登记时，开发者需要了解并遵守相关法律法规，以确保自身权益不受侵犯。