一、专业基因编辑与序列修正工具

SeqNinja

- 功能：

支持批量编辑基因组序列和注释，可快速翻译、反向补充、格式转换，并定位感兴趣基因。

- 特点：操作简便，适合处理大规模序列数据，减少手动编辑错误。

IGV （Integrated Genomics Viewer）

- 功能：

提供基因组数据可视化界面，支持展示基因表达、突变、融合等NGS数据，辅助手动注释错误基因。

- 特点：高性能且用户友好，适合研究人员快速验证和修正序列注释。

二、通用序列编辑工具

SnapGene

- 功能：

集成序列设计、克隆、注释、质粒构建及酶切位点分析，支持CRISPR/Cas9等编辑工具。

- 特点：提供免费和付费版本，正式版含完整功能，适合学生和科研人员。

InSequence

- 功能：

支持序列读取、特征编辑（如引物设计、CRISPR标签插入）、实时定量PCR分析等。

- 特点：国产自主软件，兼容多种格式，适合需要高精度编辑的用户。

三、辅助分析与验证工具

BLAST & NCBI工具

- 功能：

用于序列比对（如BLAST），辅助发现相似序列或潜在功能。

- 特点：需在线或本地安装，适合初步筛选和验证。

OligoCalc

- 功能：

计算寡核苷酸属性（如分子量、Tm值、互补性），辅助设计引物。

- 特点：在线工具，操作简单，适合快速验证引物可行性。

四、其他推荐工具

BioEdit：基础编辑功能，支持比对、引物设计，适合初学者。

SeqMan：强大数据分析工具，适合复杂基因组拼接与分析。

选择建议：

若需高效批量处理，优先考虑 SeqNinja；

若强调可视化与交互式编辑， IGV是理想选择；

对功能全面性要求高，可结合 SnapGene和 InSequence使用；

初学者建议从 BioEdit等易用工具起步。