蛋白结构仿真软件包括以下几种：

Rosetta：

这是一个由华盛顿大学的研究人员开发的软件包，用于设计蛋白质和核苷酸序列。Rosetta包括多种算法，用于预测蛋白质结构、设计突变以及重排蛋白质序列。

MODELLER：

这是一个由San Diego Supercomputer Center（SDSC）开发的同源建模软件。MODELLER使用已知蛋白质的三维结构来预测未知序列的蛋白质结构。

CHARMM：

这是一个由加州大学的劳伦斯伯克利国家实验室开发的分子动力学模拟软件。CHARMM适用于模拟蛋白质、核酸、脂质和小型有机分子的行为。

GROMACS：

这是由瑞典哥德堡大学的计算机科学系开发的分子动力学模拟软件。GROMACS主要用于模拟蛋白质、脂质和核酸等大分子的行为。

BIOVIA Discovery Studio：

这是一个综合的分子模拟软件平台，提供同源建模、分子动力学模拟、电子密度图分析等功能。

ChimeraX：

这是一个由加州大学旧金山分校（UCSF）开发的分子可视化工具，支持蛋白质-蛋白质相互作用研究。

Maestro：

这是Schrödinger软件包中的图形化界面，用于分析蛋白质-配体相互作用模式。

PyMOL：

这是一个广泛使用的分子可视化系统，支持多种格式的分子数据输入和输出，以及复杂的分子操作。

VMD：

这是由伊利诺伊大学开发的专门用于分子动力学模拟的可视化工具。

AlphaFold2 和 RoseTTAFold：

这是由DeepMind和华盛顿大学蛋白设计研究所开发的人工智能工具，用于蛋白质结构预测。

这些软件各有特点，适用于不同的蛋白质结构预测和研究需求。选择合适的软件取决于具体的研究目标和实验条件。