根据搜索结果，南京市有以下银行软件中心：

中国银行软件中心

- 中国银行股份有限公司软件中心成立于1992年，是总行直属机构，负责全球应用系统的开发、测试与维护，员工规模3000余人，设有深圳、西安、合肥三个分中心。

南京银行软件中心

- 南京银行软件中心是南京银行总部的直属技术机构，专注于金融应用系统的开发与运维，支持零售业务转型和普惠金融创新，属于总行重点建设的技术平台。

其他相关机构

- 南京微盛银创信息技术有限公司：

虽为南京本地银行科技服务提供商，但属于独立公司，非银行机构下属部门。

- 宁波银行南京新城科技园支行：该支行设有科技园支行，但搜索结果未明确提及该支行是否设有独立软件中心。

说明：搜索结果中未明确提及其他银行（如工商银行、农业银行等）在南京设有独立软件中心。如需进一步了解具体银行的技术部门，建议通过银行官网或官方招聘平台查询。