南京作为江苏省的科技教育重镇，在软件工程领域有多所高校表现突出，以下是综合多个来源的推荐及分析：

一、顶尖综合类高校

南京大学

- 计算机科学与技术学院是国家级重点学科，软件工程专业全国排名第5，工科实力领先。拥有“双一流”“211”“985”工程资质，师资力量雄厚，涵盖计算机软件与理论、人工智能等方向。

东南大学

- 计算机科学与工程学院在工科领域表现突出，软件工程为省级重点专业。学院注重实践与科研结合，提供丰富的编程课程和项目机会。

二、理工类特色院校

南京理工大学

- 计算机科学与技术学院是江苏省重点建设高校，软件工程与人工智能方向实力较强，拥有国家级实验教学平台。

南京航空航天大学

- 计算机学院在航空航天领域有独特优势，软件工程与信息安全方向结合紧密，教学环境优质。

三、其他推荐院校

南京信息工程大学：

与海康威视合作共建拔尖创新班，注重实践与产业结合，网络工程、物联网工程为省级重点专业。

南京邮电大学：在通信工程、网络工程领域有深厚积累，软件工程评价为A等级。

南京航空航天大学：计算机科学与技术、软件工程协同发展，科研项目丰富。

四、选择建议

综合类优先：若注重学术实力和综合排名，南京大学和东南大学是首选。

工科导向：若侧重实践与工程应用，可考虑南理工、南航或信息工程大学。

特色方向：根据兴趣领域（如人工智能、网络安全），选择对应重点专业院校（如南大的人工智能方向、东南大学的网络工程方向）。

建议考生结合自身职业规划、分数情况以及高校招生简章，综合评估后选择最适合的院校。