一、流式细胞分析软件

Thermo Scientific HCS Studio

- 提供直观界面与智能设计工具，支持细胞水平、板孔水平和区域水平的动态数据分析，适合多参数细胞表型分析。

Tree Star FlowJo

- 专为流式细胞数据设计，支持拖放式分析、高级模型构建及插件扩展，可生成一维/二维/三维直方图，广泛应用于免疫分型、细胞周期分析等。

Invitrogen Celleste 6

- 全功能图像分析套件，预配置分析模板，支持热图、直方图等多种数据显示形式，简化实验流程并提升效率。

二、单细胞分析软件

Cellxgene

- 免费工具，无需编程背景即可进行细胞标签化、成分分析和差异分析，适合快速探索个人或公开数据集。

STAR （Spliced Transcripts Alignment）

- 高效的RNA-seq数据比对工具，支持并行计算，适用于大规模数据集的处理与基因表达分析。

Seurat

- 强大的单细胞RNA-seq分析平台，提供细胞亚型识别、谱系构建及基因表达模式挖掘功能，适合复杂生物学问题研究。

三、通用图像分析工具

Celleste 6

- 除流式细胞数据外，还支持常规细胞图像分析，包含反卷积等高级功能，满足多场景图像处理需求。

显微镜图像分析软件

- 如ImageJ、MATLAB等，提供基础图像处理与分析功能，适合细胞形态学、荧光信号等常规分析。

四、其他专业工具

Kallisto：

快速准确的RNA-seq定量工具，适合基因表达谱的初步分析。

Monocle：专注于单细胞RNA-seq数据分析，擅长细胞发育轨迹和基因表达动态变化的研究。

总结

选择软件时需结合具体研究需求，例如：

流式细胞数据优先考虑HCS Studio或FlowJo；

单细胞RNA-seq分析推荐STAR、Seurat或Monocle；

基础图像分析可选Celleste 6或通用工具如ImageJ。

建议根据数据类型和实验目标进行匹配，并参考软件官方文档完成安装与配置。