一、自主研发类

SPONGE

由北京大学和深圳湾实验室高毅勤教授课题组开发，基于CUDA架构，支持模块化设计，可插入自定义算法。2021年与华为MindSpore合作移植至人工智能框架，实现分子动力学模拟与深度学习结合。

MindSponge

基于MindSpore深度学习框架开发的分子动力学模拟程序，可调用MindSpore算子，提升模拟效率。属于人工智能与分子模拟结合的新兴工具。

Materials Studio

由北京分子材料国家实验室开发，支持构型优化、性质预测、X射线衍射分析及量子力学计算，适用于材料科学与化学工程领域。

二、开源及商业类

GROMACS

国际知名开源软件，广泛应用于生物分子模拟，支持分子动力学、分子对接等功能，但需专业配置。

AMBER

由美国加州大学开发，功能全面，涵盖分子建模到动力学模拟，常用于生物物理化学研究。

CHARMM

哈佛大学开发，提供从头算到分子动力学模拟的一体化解决方案，适用于药物设计等领域。

三、其他工具

autodock：

分子对接软件，用于预测分子与配体结合模式。

PowerMV：高通量筛选工具，支持分子显示、相似性搜索及活性预测。

四、注意事项

功能定位：SPONGE和MindSponge侧重AI与MD结合，Materials Studio偏向传统材料模拟，需根据需求选择。

平台兼容性：部分软件（如SPONGE）需特定硬件加速（如GPU），需提前确认配置。

以上软件中，SPONGE和MindSponge是国产自主研发的亮点，而GROMACS等国际工具则因成熟度高被广泛使用。选择时需结合具体研究方向、硬件条件及预算。