分子模拟软件种类繁多，涵盖了从基本的分子动力学模拟到高级的计算化学分析等多个方面。以下是一些广泛使用的分子模拟软件：

AIIDA-AIMALL

简介：AIIDA-AIMALL是基于AiiDA框架开发的插件，集成了AIMAll分子模拟系统，为用户提供便捷的分子结构优化和性质计算功能。

GROMACS

简介：GROMACS是一款开源的分子动力学模拟软件，支持高性能计算、多种力场、模拟算法和数据处理工具，适用于大规模并行计算。

LAMMPS

简介：LAMMPS是一款经典的开源分子动力学模拟软件，侧重于材料的模拟，支持GPU加速，适用于大规模并行计算。

NAMD

简介：NAMD是一款高性能并行分子动力学计算程序，适用于大生物分子体系，支持多种力场和并行处理，模拟体系常为10,000-1,000,000个原子。

PyMOL

简介：PyMOL是一款计算机辅助设计软件，用于分子建模和模拟，支持不同氨基酸残基的替换、插入或删除，预测它们对酶结构和功能的影响。

Rosetta

简介：Rosetta是一款用于分子建模和设计的软件，通过模拟不同氨基酸残基的替换、插入或删除，预测它们对蛋白质结构和功能的影响。

Discovery Studio

简介：Discovery Studio是一款计算机辅助设计软件，提供分子建模、模拟和分析工具，支持蛋白质、DNA等大分子的结构和功能预测。

MOE

简介：MOE是一款功能强大的分子模拟软件，支持分子建模、化学计算和可视化，适用于蛋白质、DNA等大分子的三维构象生成和研究。

Chem3D

简介：Chem3D是一个强大的桌面建模程序，支持小分子和生物大分子的3D模型生成、计算和操作，适用于研究物质的属性和相互作用。

这些软件各有特点，适用于不同的研究需求和计算能力。选择合适的分子模拟软件，可以大大提高研究效率和准确性。