一、蛋白质结构可视化与分析

PyMOL

- 三维结构图形化显示工具，支持多种格式导入和复杂结构操作，广泛用于结构展示和初步分析。

Rasmol

- 由Rosetta Institute开发，用于蛋白质结构建模和可视化，支持分子对接和动态模拟。

MolMol

- 轻量级分子可视化工具，适合快速查看蛋白质结构及分子间相互作用。

Protein-Python

- 基于Python的库，用于蛋白质结构预测、分析和可视化，适合自动化任务。

二、蛋白质结构预测

二级结构预测

- JPred：

基于物理方法的二级结构预测工具，适用于小蛋白结构分析。

三级结构预测

- 3D-PSSM：

结合同源建模和能量最小化技术，预测蛋白质三维结构。

折叠识别

- Foldit：

通过人工智能算法预测蛋白质折叠结构，适合复杂蛋白系统。

三、蛋白质功能与相互作用分析

分子动力学模拟

- GROMACS：

开源分子动力学模拟软件，用于研究蛋白质动态行为及相互作用。

蛋白质-蛋白质相互作用分析

- InterPreTS：

基于网络分析的方法，揭示蛋白质复合物中的相互作用模式。

静电势分析

- APBS：

用于分析蛋白质表面静电势分布，辅助理解蛋白质功能。

四、序列分析工具

序列比对与编辑

- BioEdit：

支持序列比对、引物设计、限制酶分析等基础功能，适合初学者。

- InSequence：国产免费工具，支持千万级序列处理，包含引物设计、CRISPR设计等功能。

- SeqMan：提供序列比对、拼接及可视化工具，适用于基因组分析。

基因组分析

- SeqNinja：

快速执行大规模序列比对，提升实验效率。

五、其他实用工具

ProCHECK：用于验证蛋白质结构模型的正确性。

WHAT_CHECK：通过物理化学参数检查结构合理性。

以上工具可根据具体需求组合使用，例如先用3D-PSSM预测结构，再通过GROMACS模拟动态过程，最后用PyMOL进行可视化展示。