生物软件种类繁多，可根据功能和应用领域进行划分，主要分为以下几类：

一、教学辅助类

《生物狗》

专为生物教师设计的学习交流平台，提供免费资源与学习技巧，用户多为资深教师，支持课程同步与知识拓展。

《初中生物》与《高考生物通》

- 《初中生物》辅助学生同步课堂内容，包含学习技巧和知识拓展功能。

- 《高考生物通》覆盖高中三年知识体系，重点难点分类清晰，适合高考备考。

二、分子生物学工具类

序列分析软件

- DNASIS系列：

支持DNA/RNA序列编辑、质粒作图及数据库查询，适用于分子生物学实验。

- Rasmol/RasTop：提供3D分子结构可视化功能，Rasmol可处理PDB文件，RasTop是Rasmol的图形化界面。

基因芯片与RNA分析工具

- ArrayVision：

商业软件，支持基因芯片图像分析与数据处理。

- J-express：开源工具，用于基因表达数据的聚类分析（如K-means）。

三、三维结构可视化类

CHIME

直接在浏览器中查看3D分子结构，支持PDB文件导入与交互式分析。

MolMol

可微调PDB文件生成2D图形，便于蛋白结构可视化。

四、数据库与检索工具

PubMed/Entrez

生物医学文献数据库，支持关键词检索、蛋白质/基因信息查询及文献管理。

Vector NTI Suite

提供核酸蛋白分析、序列比对、基因组编辑等功能，集成多种生物学数据库。

五、其他专业领域工具

基因编辑软件：

如CRISPR设计工具，辅助基因工程实验。

代谢组学分析平台：用于代谢物数据挖掘与生物标志物发现。

以上分类涵盖主要应用方向，实际使用中常需结合多种工具完成复杂任务。例如，分子生物学研究可能涉及序列分析（DNASIS）+结构可视化（Rasmol）+数据解读（J-express）的流程。