一、基因序列分析软件

BLAST

- 功能：快速比对核酸/蛋白质序列，支持多种比对算法（如BLASTN、BLASTP），提供数据库检索和相似性分析。

- 优势：数据库覆盖广，比对结果准确，支持在线及命令行操作。

Geneious

- 功能：综合性生物信息学平台，支持多序列比对、基因型分析、进化树构建及功能注释（如GO和KEGG通路富集分析）。

- 优势：用户界面友好，适合科研人员使用。

DNASTAR & Vector NTI

- 功能：基因序列编辑、比对及分析工具，提供大规模数据处理能力。

二、蛋白质序列分析软件

BLAST （蛋白质序列）

- 适用性：通过BLASTP比对蛋白质序列，辅助功能预测（如结构域识别）。

Protein Data Bank （GenBank）

- 功能：存储蛋白质序列及结构信息，支持序列检索和可视化。

Rosalind & Clustal Omega

- 特点：Rosalind提供在线比对服务，Clustal Omega以高准确性著称，支持离线处理大规模数据。

三、通用序列分析工具

Bowtie & TopHat

- 适用场景：基因组组装与转录组分析，支持快速比对和索引构建。

seqkit

- 功能：命令行工具，用于FASTA/Q序列处理，支持序列操作（如反向序列生成）。

四、其他相关工具

FastQC：

集成序列质量评估功能，常与BLAST等工具结合使用。

DAVID & KOBAS：用于差异基因表达分析后的功能注释和通路富集。

Evolview：在线进化树编辑工具，支持多种树型可视化。

总结

选择合适的序列分析软件需结合具体需求（如基因组学、蛋白质结构或转录组学）。基因序列分析以BLAST和Geneious为核心，蛋白质分析则侧重Protein Data Bank和Rosalind，而通用工具如seqkit适合自动化处理。