截至2025年3月，iOS系统中支持深色模式的应用数量已显著增加，涵盖系统级应用及第三方软件。以下是主要支持深色模式的软件分类及示例：

一、系统级应用

Apple Store

支持iOS 13及以上版本的深色模式，提供无缝切换的购物体验。

iCloud

与系统深色模式同步，支持照片、文档等云存储内容的深色显示。

二、主流第三方应用

社交与通讯类

- 微信（7.0.12及以上版本）：图标和界面适配深色模式，文字颜色与背景形成对比。

- 支付宝（10.7.6版本）：新增深色模式图标，提升视觉舒适度。

新闻与阅读类

- 知乎、豆瓣、灵感笔记：长期支持深色模式，适合夜间阅读。

- 今日头条：作为主流新闻平台，全面适配深色模式。

工具与生活类

- Notability、滴墨书摘：笔记类应用优化深色模式下的手写体验。

- Day One 日记+笔记：支持自定义主题，包括深色模式。

设计与创作类

- Sorted、熊掌记：提供专业级文档编辑功能，适配深色背景。

- Everyday Habits：习惯管理工具支持深色界面。

其他

- 浏览器（Safari）：起始页支持深色模式，但部分网页需手动开启。

- Microsoft Outlook：邮件应用适配深色模式，提升专注力。

三、注意事项

视频播放：

部分应用（如支付宝）在深色模式下可能调整视频播放界面，但官方未明确说明。

系统级限制：iOS原生应用（如电话、短信）暂不支持深色模式，需依赖第三方工具。

以上信息综合了苹果官方更新及第三方应用适配情况，部分应用可能因版本差异存在差异。