同源建模（Homology Modeling）是一种基于已知结构蛋白序列和结构的建模方法，通过序列相似性预测未知结构。以下是常用的同源建模软件及相关信息：

一、主流同源建模软件

MODELLER

- 功能：

支持蛋白质三维结构同源模建、比较建模，可生成不含氢原子的模型，适用于复杂结构预测。

- 特点：参数调整丰富，但界面复杂，新手友好度较低。

Swiss-Model

- 功能：

基于ExPASy数据库提供自动模式、比对模式和项目模式，支持蛋白质结构预测和药物设计。

- 特点：操作模式多样，适合不同研究需求，但需网络访问。

Robetta

- 功能：

结合同源建模与人工智能技术，可预测蛋白质结构，支持自动化建模流程。

- 特点：近年来发展迅速，适合需要高精度预测的场景。

RaptorX

- 功能：

基于深度学习的蛋白质结构预测工具，通过学习大量数据提高预测准确性。

- 特点：新兴技术，适合科研机构进行前沿研究。

SCWRL （Structure Comparison and Web-based Reasoning）

- 功能：

提供结构比对、差异分析和可视化工具，辅助理解结构相似性。

- 特点：Web平台操作，便于团队协作和数据共享。

二、其他相关工具

Discovery Studio：集成分子建模、药物设计和分子动力学模拟，支持同源建模及虚拟筛选。

Sybyl：用于药物小分子与生物大分子模拟，包含同源模建功能。

三、选择建议

新手推荐：Swiss-Model（操作简单）或RaptorX（自动化程度高）。

科研需求：MODELLER（功能全面）或Discovery Studio（多模态分析）。

团队协作：考虑Web平台工具如SCWRL，便于数据共享。

以上软件均需结合序列数据及已知结构进行训练或比对，建议根据具体研究目标选择合适工具。