软件定制开发的纳税方式需根据业务类型和收入确认方式综合判断，具体如下：

一、收入确认与增值税纳税

定制化开发收入确认

定制化软件开发需按完工进度确认收入，需留存开发日志、验收报告等佐证材料。 - 会计分录：

借：应收账款/银行存款，贷：主营业务收入——软件产品（100%）/技术服务（6%）。

增值税税率

- 一般纳税人：适用13%税率；

- 小规模纳税人：2025年统一降至3%征收率。

即征即退政策

增值税实际税负超过3%的部分可申请即征即退，退还税款用于研发或扩大再生产，不并入企业所得税应税收入。

二、企业所得税纳税

应税收入范围

包括软件销售收入、提供软件开发服务收入及技术支持等。

税率与优惠政策

- 一般企业：25%；

- 高新技术企业：15%；

- 小型微利企业：20%；

- 研发费用加计扣除：75%（需符合条件并归集证明材料）。

三、其他相关税费

附加税：

包括城建税、教育费附加等，税率根据地区不同在1%-7%之间。

个人所得税

- 自然人开发者：

按劳动报酬缴纳，需扣除社保后适用累进税率；

- 企业员工：按工资薪金所得缴纳，同样适用累进税率。

四、注意事项

纳税人类型选择：一般纳税人适合年销售额超500万元的企业，小规模纳税人适合低销售额或特定优惠政策；

发票管理：需规范开具增值税发票，设备采购等进项税需单独核算；

税务申报：月度申报增值税，年度汇算清缴企业所得税，需及时申报并享受税收优惠。

通过合理规划收入确认、税率应用及费用扣除，可有效降低税负。