质谱法使用软件通常涉及以下步骤，结合了仪器操作与数据处理两个层面：

一、仪器操作阶段

软件启动与登录

- 打开质谱分析软件（如micrOTOFcontrol、SIRIUS等），输入操作人员姓名并验证权限。

仪器准备

- 根据样品类型选择合适的质谱模式（如tune_low.m用于小分子药物、tune_wide.m用于大蛋白、tune_high.m用于大分子肽类）。

- 进行仪器校准，例如使用甲酸钠（m/z 90-1200）校正小分子药物样品，或三氟乙酸钠（m/z 200-2000）校正蛋白质类样品。

样品导入与分析

- 将样品导入仪器，设置扫描参数（如离子源温度、质量扫描范围等）。

- 启动仪器运行，待系统稳定后进行数据采集。

二、数据处理阶段

数据导入与预处理

- 将.mzML或.mzXML格式的原始数据导入分析软件（如SIRIUS）。

- 使用峰提取工具（如OpenMS、XCMS）对数据进行预处理，包括基线校正、峰识别和归一化。

参数设置与算法选择

- 在SIRIUS中设置质量偏差范围（通常≤20 ppm）。

- 选择同位素模式分析方法（如Enhanced Quadratic），并启用CSI:FingerID或CANOPUS等集成工具辅助结构鉴定。

同位素模式分析

- 软件自动解析质谱中的同位素模式，生成候选分子式列表，并按可能性排序。

- 通过碎片树可视化工具分析MS/MS光谱中的碎片模式，辅助确认分子结构。

结果验证与报告

- 对候选分子式进行生物学或化学验证（如数据库检索、实验对照）。

- 生成分析报告，包含分子结构图、定量结果及置信度评估。

三、注意事项

软件选择：

根据样品类型和需求选择专用软件（如SIRIUS适合复杂数据分析，micrOTOFcontrol适合快速筛查）。

数据质量：预处理步骤对结果准确性至关重要，需使用合适的峰提取参数。

仪器维护：定期校准仪器，确保质量准确度。

通过以上步骤，可系统完成质谱数据的采集与分析。