计算机软件侵权的公证流程如下：

收集证据：

首先，当事人需要收集相关的证据，包括侵权软件的底稿、原件、合法出版物、著作权登记证书、认证机构出具的证明、取得权利的合同等。

公证机关公证：

当事人可以将收集到的证据提交给公证机关进行公证。公证机关会对证据及收集过程进行公证，以证明其客观性。

公证员取证：

公证人员在未向涉嫌侵权的一方当事人表明身份的情况下，可以如实对另一方当事人按照上述规定的方式取得的证据和取证过程进行公证，并出具公证书。

公证内容：

公证过程中需要详细记录上网方式和具体操作过程，包括上网的联接设备、ISP服务商及所拨号码、联接过程等，并建议请计算机专业人员在公证员监督下进行操作，以确保所取得证据的完整性和可用性。

公证书使用：

根据《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第八条的规定，公证人员在未向涉嫌侵权的一方当事人表明身份的情况下取得的证据和取证过程出具的公证书，应当作为证据使用，但有相反证据的除外。

通过以上步骤，计算机软件侵权的证据就可以得到公证，从而在侵权纠纷中提供有力的法律支持。