刷机后保留部分软件需要通过备份和恢复的方式实现，具体方法如下：

一、数据备份

系统级备份

- 使用专业工具如 360手机助手（电脑版）或 钛备份将整个 `data` 文件夹备份到电脑。该工具可备份安装的应用程序、短信、联系人等数据。

- 对于苹果设备，可通过 iTunes的立即备份功能实现系统级备份。

应用级备份

- 部分工具（如 刷机精灵）支持单独备份应用数据，但需注意这些工具通常需获取 root 权限。

- 记录未安装应用的可安装包路径（如 `DCIM/Camera`），刷机后手动重新安装。

二、刷机方式选择

官方刷机工具

- 使用设备厂商提供的工具（如 MIUI Flash Tool、 OPPO Flash Tool）刷入官方 ROM，系统级数据会覆盖原有内容，但可通过系统更新恢复部分应用。

- 注意：刷机前需确认设备已开启 USB 调试模式。

第三方刷机工具

- 工具如 卓大师、 刷机精灵等支持刷入自定义 ROM，但会清除所有数据。建议先备份，再刷入系统镜像。

三、软件恢复

直接恢复安装包

- 将备份的应用安装包复制到手机存储的原始路径（如 `DCIM/Camera`），刷机后系统会自动识别并安装。

- 需注意：部分应用需在系统更新后重新注册或验证。

手动重新安装

- 刷机后进入恢复模式，选择“安装包”或“手动安装”选项，逐个恢复应用。

四、注意事项

数据丢失风险

- 刷机会清除所有数据，包括应用、设置和媒体文件，建议提前备份。

- 若需保留系统级数据，可尝试 分区备份（如刷机精灵的“应用备份”功能）。

工具选择建议

- 安卓设备优先选择 钛备份或 360手机助手，苹果设备推荐 iTunes或 Time Machine。

- 避免使用非官方工具（如 刷机精灵），可能导致系统不稳定或数据丢失。

特殊场景处理

- 若需保留第三方应用（如特殊游戏），建议在刷机前通过 root获取系统级权限，或使用 RE管理器等工具卸载冲突应用。

通过以上步骤，可在刷机后保留部分关键软件。若需保留系统级功能，建议优先选择官方刷机工具并提前备份数据。