制定阅读笔记的软件需要结合个人需求和使用习惯，以下是综合多个权威来源的推荐及使用建议：

一、按功能需求选择软件

思维导图类

- XMind：

操作简单，支持双向链接和Markdown语法，适合构建知识体系。

- Gitmind：适合脑图型笔记，可自定义模板，支持跨平台同步。

多格式编辑类

- 金舟PDF编辑器：

直接在PDF文件批注，适合电子书阅读时做笔记。

- 印象笔记：传统笔记工具，支持文字、语音、图片等多种格式，云存储功能便于长期保存。

协作与分享类

- BoardMix：

支持实时协作，可共享白板并添加文档、思维导图等元素，适合团队或个人使用。

- OneNote：微软出品，支持多端同步，适合需要长期保存和跨设备使用的用户。

手机专用类

- Goodnotes/Notability：

iPad专用工具，支持手写笔记、语音输入和图片标注，适合深度阅读时使用。

- 敬业签：多端同步，支持文字、语音、文件上传，可设置提醒，适合日常碎片化记录。

二、制定使用规范

区分收集与记录

- 使用 收集工具（如浏览器插件、笔记收藏功能）记录灵感，用 编辑工具（如PDF编辑器、思维导图软件）进行深度整理。

模板与格式化

- 优先选择带有模板的功能，如思维导图模板、Kanban看板或卡片式笔记模板，提升效率。

- 结合颜色、图标等视觉元素对信息进行分类标注，增强记忆效果。

定期回顾与整理

- 每周对笔记进行归类总结，删除冗余内容，通过复盘巩固知识。

三、技术选型建议

平台兼容性：

优先选择支持多端（iOS/Android/iPad）同步的软件，如印象笔记、Goodnotes等。

数据安全：重要笔记建议采用云端加密存储（如金舟PDF、印象笔记会员）。

通过以上工具和规范，可以系统化地记录阅读内容，提升知识吸收效率。建议根据实际使用场景进行组合尝试，找到最适合自己的工具组合。