一、基因序列到蛋白序列的查询

NCBI工具

- ORF Finder：

通过基因序列预测开放阅读框架（ORF），可快速定位编码区域；

- Primer-BLAST：用于序列比对，可辅助判断基因编码产物是否与已知蛋白相似；

- NCBI Reference Sequences （RefSeq）：提供基因转录本及编码蛋白的氨基酸序列，可通过基因名称或序列检索。

专业数据库

- NCBI Gene：

输入基因名称或序列，可获取编码蛋白的详细信息；

- NCBI CCDS：通过共识编码序列（CDS）数据库检索编码蛋白序列。

二、引物设计与验证

在线工具

- Primer Premier 5：

集成序列分析、引物设计及筛选功能，支持多种算法优化；

- Primer 3：快速生成引物，可批量处理多个序列。

R语言包

- 使用`org.Hs.eg.db`包可搜索人类基因组中的编码基因，辅助设计引物。

三、其他注意事项

序列验证：

通过BLAST比对确认蛋白序列的相似性后，可进一步使用软件如 Protein或 PDBViewer进行结构预测；

多序列比对：若需寻找保守编码基因，可使用 MAFFT或 Clustal Omega等工具。

以上工具覆盖了从序列检索、蛋白预测到引物设计的全流程，可根据具体需求选择组合使用。