应对软件侵权调查需要从多个方面进行准备和应对，以下是综合性的建议：

一、初步应对与证据收集

保留软件来源证据

- 购买合同、授权许可文件等是证明软件合法来源的核心证据。

- 自主开发软件需保存需求分析报告、设计文档、代码版本记录等开发过程文件。

差异对比分析

- 通过代码比对工具找出被控侵权软件与自身软件的差异，记录功能、界面、代码结构等对比结果。

规范记录沟通内容

- 保存与侵权方沟通的邮件、函件等，包括警告函的送达记录、要求停止使用的通知等。

二、内部管理与风险控制

全面清查使用情况

- 检查公司内部及供应商是否使用盗版软件，要求立即停止使用并保留相关证据。

- 员工个人设备若涉及侵权，需通知其立即卸载。

评估侵权风险与需求

- 根据软件使用情况评估侵权风险，与供应商协商解决方案（如更换正版、终止合作等）。

三、法律应对策略

积极应诉与举证

- 按照《民事诉讼法》规定，及时提供有利于自己的证据，还原案件事实。

- 通过专业律师解读法律条文，制定应对策略，包括谈判或法庭辩护。

应对警告函

- 收到侵权警告函后，避免仓促承认侵权，以“需核实相关情况”为由暂缓回应。

- 在规定期限内提供证据，逾期未提供的可能影响案件结果。

四、预防措施与后续管理

建立合规体系

- 制定软件采购、使用、更新等管理制度，明确正版使用要求。

- 定期开展知识产权培训，提高员工法律意识。

持续监控与维权

- 建立软件使用监控机制，及时发现异常使用行为。

- 通过技术手段（如水印、加密）保护软件版权。

总结：

应对软件侵权调查需以保留证据为核心，通过内部管理降低风险，并积极运用法律手段维护权益。建议全程委托专业律师参与，以提高应对成功率。